Créer une colonne avec des variables factorielles conditionnelles à plusieurs autres colonnes ?

KLM117

J'ai 4 colonnes, appelées Amplification, CNV.gain, Homozygote.Deletion.Frequency, Heterozygous.Deletion.Frequency. Je souhaite créer une nouvelle colonne dans laquelle, si l'une des valeurs de ces 4 colonnes est :

  • supérieur ou égal à 5 ​​et inférieur ou égal à 10, il renvoie faible :
  • supérieur à 10 et inférieur ou égal à 20, il renvoie moyen
  • supérieur à 20, il retourne haut

Un exemple de table finale (long_fused) ressemblerait à ceci :

CNV.Gain Amplification Fréquence.de.suppression.homozygote Fréquence.de.suppression.hétérozygote Seuil
3 5 dix 0 Meugler
0 0 11 8 Moyen
7 16 25 0 Haute

Jusqu'à présent, j'ai essayé le code suivant, bien qu'il semble remplir la colonne "Seuil", le fait de manière incorrecte.

library(dplyr)
long_fused <- long_fused %>%
  mutate(Percent_sample_altered = case_when(
    Amplification>=5 & Amplification < 10 & CNV.gain>=5 & CNV.gain < 10 | CNV.gain>=5 & CNV.gain<=10 & Homozygous.Deletion.Frequency>=5 & Homozygous.Deletion.Frequency<=10| Heterozygous.Deletion.Frequency>=5 & Heterozygous.Deletion.Frequency<=10 ~ 'Low',
    Amplification>= 10 & Amplification<20 |CNV.gain>=10 & CNV.gain<20| Homozygous.Deletion.Frequency>= 10 & Homozygous.Deletion.Frequency<20 | Heterozygous.Deletion.Frequency>=10 & Heterozygous.Deletion.Frequency<20 ~ 'Medium', 
    Amplification>20 | CNV.gain >20 | Homozygous.Deletion.Frequency >20 | Heterozygous.Deletion.Frequency>20 ~ 'High'))

Comme toujours, toute aide est appréciée !

Données au dputformat

long_fused <-
structure(list(CNV.Gain = c(3L, 0L, 7L), Amplification = c(5L, 
0L, 16L), Homozygous.Deletion.Frequency = c(10L, 11L, 25L), 
Heterozygous.Deletion.Frequency = c(0L, 8L, 0L), Threshold = 
c("Low", "Medium", "High")), class = "data.frame", 
row.names = c(NA, -3L))
Ronak Shah

Voici une alternative utilisant case_when-

library(dplyr)

long_fused %>%
  mutate(max = do.call(pmax, select(., -Threshold)),
  #If you don't have Threshold column in your data just use .
  #mutate(max = do.call(pmax, .),  
         Threshold = case_when(between(max, 5, 10) ~ 'Low', 
                               between(max, 11, 15) ~ 'Medium', 
                               TRUE ~ 'High'))

#  CNV.Gain Amplification Homozygous.Deletion.Frequency
#1        3             5                            10
#2        0             0                            11
#3        7            16                            25

#  Heterozygous.Deletion.Frequency max Threshold
#1                               0  10       Low
#2                               8  11    Medium
#3                               0  25      High

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